Stephanie Winker erhielt ihre erste musikalische Ausbildung an der Musikschule Tübingen und bei Gaby Pas-van Riet in Stuttgart.
Nach dem Abitur von der Freien Waldorfschule Tübingen ging sie mit einem Stipendium nach New York um dort bei Jeanne Baxtresser zu studieren und erhielt im Jahr 2000 einen Bachelor of Music von der Juilliard School. In Berlin vervollständigte sie Ihre Ausbildung mit Diplom und Konzertexamen an der HfM Hanns Eisler bei Eberhard Grünenthal und Jacques Zoon. Gleichzeitig begann sie eine Orchesterlaufbahn, die sie als Soloflötistin von der Deutschen Kammer-Philharmonie Bremen über das Berliner Sinfonie-Orchester zur Berliner Staatsoper und schließlich ans Gewandhaus Leipzig führte, wo sie heute tätig ist und mit dem sie mehrfach auch als Solistin auftrat.
Stephanie Winker ist eine aktive Kammermusikerin und konzertiert u.a. bei Festivals wie Schleswig Holstein, Tanglewood (USA), Kuhmo (Finnland), Rheingau und Davos. Mit ihrem Bläserquintett Ma’alot gastiert sie regelmäßig in Deutschland, Europa, Asien und Amerika und hat einen exklusiven Plattenvertrag bei Dabringhaus&Grimm - in den Jahren 2006 und 2010 erhielt das Ensemble Echo Klassik Preise für seine Dvorak und Rossini Einspielungen. Seit 2012 ist sie außerdem künstlerische Leiterin der Sommerkonzerte Volkenroda, die das hierfür gegründete „von Gerkan Ensemble“ und seine Gäste gestalten.