Maria Spychiger ist seit 2007 an der HfMDK Frankfurt am Main tätig, zunächst war sie Vertretungsprofessorin, ab 2008 W2 Professorin für Musikpädagogik, 2010 erfolgte die Ernennung für die Professur W3 "Empirische Musikpädagogik". Sie hat in den vergangenen Jahren mehrere Ämter in der Selbstverwaltung der HfMDK ausgeübt, darunter dasjenige der Ausbildungsdirektorin im Fachbereich 2, von 2010-2013 Vizepräsidentin, seit 2012 Vorsitzende des Promotionsausschusses. Sie hat den Master Musikpädagogik für die HfMDK konzipiert und ist seit er im Herbst 2013 startete die Studiengangleiterin. Im Jahr 2017 wurde der Studiengang akkreditiert. In den letzten Jahren hat sie auch das Konsortium "Graduiertenschule Musikpädagogik" initiiert, um die strukturierte Promotion in der Musikpädagogik zu fördern. Die neue Einrichtung wird an der HfMDK von ihrer Professur aus koordiniert, es sind bisher sieben Hochschulen und Universitäten auf diese Weise miteinander verbunden.
Frühere Tätigkeiten waren nach der Ausbildung zur Volksschullehrerin für die Klassen 1-6 und fünfjähriger Lehrtätigkeit in der Schweiz und dem anschließenden Studium der Psychologie und Pädagogik an der Universität Fribourg (1983-1988). Nach dem Studium Stelle als wissenschaftliche Mitarbeiterin in der Begleitung und Evaluation eines großen Schulversuchs mit erweitertem Musikunterricht, dazu Lehrauftrag der Musikpsychologie und Musikpädagogik an der Musikhochschule Luzern. Doktoratsstudium im 1. Schweizerischen Postgraduiertenkolleg der Psychologie und in Deutschland und den USA mit einem Stipendium des Schweizerischen Nationalfonds, Promotion 1995 mit dem Thema "Mehr Musikunterricht an der öffentlichen Schule? Entwicklung eines zeichentheoretischen Begründungsansatzes als Alternative zur aussermusikalischen Argumentation." Von 2000-2002 Forschungsbeauftragte der Pädagogischen Hochschule Bern sowie Leiterin des Nachdiplomstudiums Didaktik der Musik der Universität Bern, ab 2002-2007 Oberassistentin am Departement Erziehungswissenschaften der Universität Fribourg, abschließend mit einem durch den Schweizerischen Nationalfonds unterstützten Forschungsaufenthalt an der Universität Mozarteum in Salzburg im Sommersemester 2007.
Die Habilitationsschrift mit Thema "Musikalische Aktivität und Bildung. Beiträge zu deren pädagogisch-psychologischen Grundlagen und Wirkungen" wurde im Sommer 2008 von der Universität Potsdam angenommen (Lehrbefugnis für Musikpädagogik und Musikpsychologie, Doppelvenia).
Die Forschungstätigkeiten umfassen durch verschiedene nationale Gesellschaften, die EU und Stiftungen geförderte Projekte. Ein zentrales Thema ist die Erforschung des musikalischen Selbstkonzeptes und dessen Entwicklung und Förderung im Unterricht, dazu immer wieder die zeichentheoretische Bedeutung und anthropologische Funktion der Musik, in den letzten Jahren auch ein didaktisches Projekt "Sounding Ways into mathematics" (ein EU-Projekt im Lifelong Learning Programme, ausgeführt mit sieben Ländern). Ein weiteres Spezialgebiet ist das Lernen aus Fehlern und die Entwicklung von Fehlerkultur, welches Maria Spychiger aus den Arbeiten mit Fritz Oser in Fribourg mitbrachte, in den letzten Jahren für die Instrumental- und Musikpädagogik weiterentwickelt hat und in der Lehre u.a. mit der Pianistin Sibylle Cada umsetzt. Sie lehrt in einer großen Bandbreite musikpädagogische und -psychologische Themen, nebst der musikbezogenen Bildungsphilosophie insbesondere die Pädagogische Kommunikation und Interaktion, die Psychologie des Person-Welt Bezugs sowie die Qualitative Forschungsmethodik. Sie ist eine gefragte Referentin und schreibt regelmäßig für nationale und internationale Organe der sozialwissenschaftlichen Fachcommunity.
Maria Spychiger ist seit 2015 Mitglied der Polytechnischen Gesellschaft Frankfurt am Main.